Im Jahre 1552 setzte Henri II., König der Franzosen, zum Sturmangriff auf Italien an. Aufgrund der geographischen Lage Korsikas wurde die Insel mit in die Kriegswirren hineingezogen.

1553 eroberten die königlichen Truppen unter Führung eines korsischen Obersten namens Sampiero Corso Bastia, Corte, Ajaccio und Calvi. In nur wenigen Tagen wr Korsika französisches Territorium geworden. Sampiero Corso blieb im Kampf gegen das genuesische Joch eine emblematische Gestalt. Trotz seiner Popularität konnte der Sieg der Franzosen nicht gerettet werden. Durch den Vertrag von Cateau -Cambrésis im April 1559 musste Frankreich die Insel wieder an Genua zurückgeben. Die Korsen hatten ihren alten Feind wieder.

1564 unternahm Sampiero Corso noch einmal den Versuch, die Insel zurückzuerobern, die Hoffnung war trotz aussichtsreichem Beginn jedoch bald zunichte gemacht. 1567 geriet Sampiero in einen Hinterhalt und wurde getötet. Seinen Kopf stellten die Genuesen in Ajaccio zur Schau. Von 1569-1729 übte Genua unumschränkte Gewalt über die Insel aus.