Mit dem Niedergang des weströmischen Reiches im 4. Jh.n.Chr.ist eine relativ friedliche Epoche auf der Insel beendet. Korsika wurde nun zum begehrten Streitobjekt der verschiedenen Invasoren.

Eine finstere Zeit brach mit dem Einfallen der Barbaren an, in der vieles von dem zerstört wurde, was die Römer geschaffen hatten.

Ab 455 n.Chr. brachen die Vandalen ein, dann die Ostgoten und schließlich bemächtigte sich Byzanz für zwei Jahrhunderte der Insel. Armut und Bevölkerungsschwund kennzeichnen diese Epoche. Hinzu kamen die häufigen Überfälle der allseits gefürchteten Sarazenen (Mauren) aus Nordafrika. Diese Piraten errichteten Stützpunkte auf der Insel, und noch heute zeugen Ortsnamen wie Campomoro, Morosaglia oder Morsiglia von ihrer Präsenz.

Das Meer wurde zum Feind, kamen doch alle Invasoren von dort. So zogen sich die Korsen ins Inselinnere zurück und lebten in Autarkie: etwas Landwirtschaft und vor allem Viehzucht boten ein bescheidenes Auskommen.

Erst Kaiser Karl dem Großen gelang es, mit seinen Truppen die Sarazenen vorübergehend von der Insel zu vertreiben. Schließlich waren es die Pisaner und Genuesen, die 1016 die Insel endgültig von der Schreckensherrschaft der Sarazenen befreiten.